Инновационная деятельность Санкт-Петербургского Пансиона воспитанниц Министерства обороны Российской Федерации ориентирована на совершенствование педагогического, научно-методического, организационного, информационно-технического обеспечения системы образования и направлена на качественное изменение личности воспитанницы, развитие умения мотивировать действия, самостоятельно ориентироваться в получаемой информации, формирование творческого нешаблонного мышления, развитие когнитивных функций за счет максимального раскрытия их природных способностей, используя новейшие достижения науки и практики.
Инновационная деятельность Пансиона осуществляется системно посредством реализации Программы развития образовательной организации, а также включает в себя: